സംസ്ഥാനത്തെ വിവിധ സർക്കാർ വകുപ്പുകളിൽ ഒന്നാണ് സംസ്ഥാന ജലഗതാഗത വകുപ്പ്. ആലപ്പുഴ, കോട്ടയം, കൊല്ലം, എറണാകുളം, കണ്ണൂർ, കാസർകോട് ജില്ലകളിലെ വെള്ളക്കെട്ടുള്ള പ്രദേശങ്ങളിലെ നിവാസികളുടെ ഗതാഗത ആവശ്യങ്ങൾ നിറവേറ്റുന്നതിനായി ഇത് നിലകൊള്ളുന്നു. വകുപ്പ് മുഖേന ഒരു വാണിജ്യ വകുപ്പാണെങ്കിലും ഈ വകുപ്പിന്റെ പ്രവർത്തനം ഒരു സേവന വകുപ്പ് പോലെയാണ്. ഗതാഗതം അവശ്യ സേവനത്തിന് കീഴിൽ വന്നത് മുതൽ, ഇതൊരു അവശ്യ സേവന വകുപ്പുപോലെയാണ് പ്രവർത്തിച്ചുപോകുന്നത്. വുഡൻ/സ്റ്റീൽ, ഫൈബർ ഗ്ലാസ് പാസഞ്ചർ ബോട്ടുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡിപ്പാർട്ട്മെന്റ് പ്രതിവർഷം 150 ലക്ഷം യാത്രക്കാരെ കൊണ്ടുപോകുന്നു.